Problema al importar .js externo

[Artificium]

Eso debe ser porque a lo mejor simplemente pones ese código sin más, entonces esa variable: $arrayPHP no existe dentro de ese script. Entonces nada más que debes pasarle de alguna forma el valor que desees tenga esa variable. Ahora bien, te doy una opción. Dentro de la página donde ponese este código:

<script src="controlador/js/miScript.js" type="text/javascript" language="javascript"></script>

puedes poner esto:
<script type=text/javascript">
var arrayJS=<?php echo json_encode($arrayPHP);?>;
</script>

Y esto sería una variable global que puede ser accedida desde cualquier otro script que esté incluído dentro de esa misma página.