Pues por ejemplo lo que me acabas de dar... jejeje.
Ya he descubierto como guardarlo en el servidor!
Código PHP:
$pdf->Output('informe001.pdf', 'F');
$pdf->Output('informe001.pdf', 'I');
-El primero lo guarda en el directorio en el que estes dentro de tu servidor.
-El segundo te lo muestra en el navegador.
Ahora lo que me falta es como adjuntarlo a la función mail