como evitar que usuario web ejecute un archivo php

[azaz]

Cambie el archivo php que tiene que ejecutar cronJobs y lo puse fuera del directorio raiz, eh comprobado que si el cronjobs es llamado pero no se ejecuta es decir, en el php que llama cronjobs es una actualizacion de la base de datos, una conexion como si lo hicera desde la web, por eso no tiene efecto, que soluciones me podeis dar?
saludos.