Te estás equivocando en el uso de las comillas, fíjate que estás abriendo con comillas simples y al mensaje del cuadro de confirmación, también le asignas comillas simples, siendo esa la causa del error. Puedes colocar comillas dobles escapadas.
Código HTML:
Ver original<a href='efectuarpago.php?codigo=".$row["codigo"]." onclick = 'return confirm(\"¿Deseas Aplicar Pago a este Registro?\")'><img src='iconopago.png' width='32' height='32' alt=''/></a>
Saludos