Es extraño, pues hice una prueba y funciona bien.
Código HTML:
Ver original<a href = "https://www.google.com.pe/#q=PHP" onclick = "return confirm('¿Deseas consultar en Google?')">Buscar sobre PHP en Google
</a>
DEMO
Quizá si colocas el código actualizado, podamos ayudarte a encontrar el error.
Saludos