Es problema de las "" por eso no te funciona, sustitulle "" por \'\'
Te dejo un ejemplo:
Código PHP:
Ver originalecho '<a href="Resultado/'.$fila2['Resultado'].'?postulante='.$_GET['id'].'&puesto='.$_GET['puesto'].'" target="_blank" onClick="window.open(this.href, this.target, \'width=800,height=600,top=200px,left=300px\'); return false;">Ver Resultado</a>';
Asi deveria funcionarte sin problemas.