Tienes problema con la forma en la que estas relacionando la entidad Usuario y Grupo el targetEntity los estas haciendo hacia ellas mismas en los dos casos. Prueba con lo siguiente.
Código PHP:
Ver original//Entidad Usuario
* @ORM\ManyToMany(targetEntity="Grupo", inversedBy="grupoid")
//Entidad grupo
* @ORM\ManyToMany(targetEntity="Usuario", inversedBy="usuarioid")
Despues de hacer el cambio actualiza el esquema.
Te aconsejo que leas la documentación para el tema de asociaciones:
http://docs.doctrine-project.org/en/...-bidirectional
en los ejemplos viene como queda el esquema con cada relación.