El problema es el orden de tus reglas, si lo piensas primero se aplica esto:
Cita: RewriteRule ^(.*)$ $1.php
Dado que no especificas que termine ahí (con "L") entonces aplica la siguiente regla:
Cita: Rewriterule ^noticia/(.*)$ noticia.php?slug=$1 [QSA,L]
Y ahí si especificas que es la última regla a aplicar con "L", deberías consultar una referencia al respecto.
Tu problema no es de programación en PHP, es configuración de Apache (.htaccess) y nada más.
En breve: el orden de las reglas es importante, y debes colocar las reglas menos flexibles al principio de todo lo demás.