Los números por definicion carecen de ceros a la izquierda. Al menos si recuerdas lo enseñado en la escuela primaria...
Más allá de eso, en BBDD los números no se almacenan como cifras, sino compo binario, por lo que tampoco existen los ceros a la izquierda. Eso se obtiene por representación, es decir, puedes crear la cadena con el dato formateado, por ejemplo, usando LPAD()
Ahora bien, lo del límite de números es otro cantar..
Como el límite está dado por el rango de representación del tipo de columna, no hay un modo desde la estructura de la tabla de restringirlo. Una posibilidad de forzarlo sería usar DECIMAL(5), por ejemplo, como tipo de columna, pero no creo que puedas declarar una columna DECIMAL como AUTO_INCREMENT, aunque nunca lo he probado...
Intentalo así y vemos.