Ok, meto mi cuchara, yo hice una web en puro flash y para indexarla con FreeFind (que indexa siguiendo los enlaces) cree una capa oculta que contenia los enlaces y las palabras. Por ejemplo:
<div style="visibility: hidden;">
palabras clave
<a href="map.htm">mapa</a>
</div>
Esto no se ve a la hora de visualizar las paginas pero el codigo si es leido a la hora de indexarlas.