Buenas,
Puedes cambiar un pixel de la imagen fácilmente con setRGB.
Aquí tienes un tutorial que lo explica de una forma muy clara y sencilla:
http://www.javamex.com/tutorials/graphics/bufferedimage_setrgb.shtml
Respecto al temporizador, puedes utilizar un Timer de la clase java.util.
Código Java:
Ver original @Override
public void run() {
// Mi codigo que cambia el pixel cada 100 milisegundos
}
}, 100);
Un saludo