Hola,
si Derby no te ofrece las características deseadas, deberías probar con otro motor de base de datos. MySQL es muy popular, en internet hay muchos tutoriales para instalarlo de manera fácil. También podrías "conectarlo" a Netbeans como dice el punto 1 de este tutorial:
https://netbeans.org/competition/win...ql-client.html
Ten en cuenta no es necesario conectarlo, esto más que todo es para tener un gesto gráfico para agregar/quitar filas, crear tablas, etc.
Podrías tener tus proyectos que se conecten a MySQL a través de tu código, y sin embargo administrar gráficamente MySQL desde otro progama como MySQL Workbench, SQLYog, Navicat, etc...