Problema checkbox repite mensaje box

[bathorz]

Creo que sobra código.
Prueba

Código Javascript:

$(document).ready(function() {
 
        $('input[name=baja]').on("click", function() {
          var id = $(this).attr('id');
          var box = confirm("¿Está seguro que desea eliminar el cliente?");
          if (box == true) {
            $.ajax({
              type: 'POST',
              url: 'ajax_chk_cliente.php',
              data: 'id= ' + id,
              success: function() {
                window.location.href = "ver_cliente.php";
              }
            });
          } else {
            $(this).prop('checked', false);
          }
        });
 
      });
 

y elimina los onclick.