Hola, ¿qué tal?
Código PHP:
//$objPHPExcel->setActiveSheetIndex(0);
Esa línea es la que se encargaría de seleccionar la primer hoja de manera que trabajes sobre ella, quizás por eso los registros se repiten en varias hojas. ¿Hay algún motivo por el cual comentaste dicha línea?
Un saludo.