Depende de la situación cuando lo guardas en la base de datos se los puedes asignar, y cuando los muestras también.
Pero vamos que en el código que as puesto no aplicas el number_format, por lo que no podemos decirte si lo estas haciendo bien o mal.
Debería de quedarte así:
Código PHP:
Ver originalecho '<center><h2 id="total">Total: '.$total.'</h2></center>';