Lo correcto sería ubicar los scripts en un lugar no accesible por web:
Cita: /var/www/pagina1
/var/www/pagina2
/usr/local/share/php/sistema
Y así, haces uso de la configuración de include_path para que siempre que busques un script lo puede recuperar de la carpeta común: /usr/local/share/php/sistema
Consulta el manual al respecto.
