Personalmente yo lo hago en el variables de entorno, incluso hay librerías como
dj-database-url, donde en una sola variable de entorno guardas toda la configuración de la base de datos. Incluso en el tuto de heroku recomienda esta librería.
Heroku y otros PaaS si permiten crear variables de entorno para tu proyecto, en cuento a donde almacenarlas, no las guardes en el .bashrc, ponlas en el script
activate o activate.bat (en windows) de tu virtualenv. Ademas, solo lo añades una vez.