Base de datos actualiza toda las filas de 3 columnas

[gnzsoloyo]

En realidad tu problema es simplísimo: Tu UPDATE no contiene un WHERE que restrinja qué registros vas a modificar...
MySQL no puede adivinar que quieres cambiar sólo uno. Debes indicarlo expresamente.

Código MySQL:

UPDATE cover_user SET user_email='$user_email', 
user_password='$user_password',
user_picture = '$user_picture' 
WHERE user_id = '$user'
 

Para ser más específico, tu UPDATE está haciendo una modificación masiva, y poniendo los mismos valores en los tres campos de todos los registros. Lo que implica que te está corrompiendo los datos.