apenas me manejo con el vba pero me voy a atrever a sugerir un pequeño cambio
Sub Numerar()
Range("A2").Value=1
Range("A3").Value=2
Range("A2:A3").Select
Selection.AutoFill Destination:=Range("A2", Range("A2").End(xlDown)), Type:=xlFillDefault
Range("A1").Select
End Sub
digo con esto ya se podrían eliminar las primeras filas de ser necesario