Gracias pateketrueke, lo he resuelto asi:
Código PHP:
foreach(glob('./controladores/'.'*.php') as $archivo1) {
foreach(glob('./vistas/'.basename($archivo1,'.php').'/'.'*.phtml') as $archivo2) {
$controladores[basename($archivo1,'.php')][basename($archivo2,'.phtml')] = basename($archivo2,'.phtml').'.html';
if (basename($archivo2,'.phtml')=='index') $controladores[basename($archivo1,'.php')]['index']=null;
}
unset($controladores[basename($archivo1,'.php')]['borrar']);
unset($controladores[basename($archivo1,'.php')]['crear']);
unset($controladores[basename($archivo1,'.php')]['editar']);
}
unset($controladores['index']);