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Iniciado por Iconoclasta 
Si eso creo fue el principal problema en mi primera experiencia, que las rutas cambiaban entre sistemas operativos. Por lo que es mejor trabajr sobre el mismo sistema operativo al desarrollar.
Mi servidor está en linux y yo trabajo con windows y nunca he tenido ningún problema con rutas, por lo menos no con php/html/javascript. Creo que una mala práctica es que a veces usamos rutas completas a archivos en nuestra pc a la hora de estar maquetando nuestra web y siempre se deben usar rutas relativas y bajo el formato / en lugar de \ que usa windows.