Cita: relaciono ambas tablas a través de cédula. Ahora realizando pruebas noto que para que se registren datos en la tabla alumno la tabla materias ya tiene que tener datos almacenados.
Bueno, suponiendo que sean tablas InnoDB, y que hayas creado correctamente la FK en la tabla "materias", obligatoriamente debe existir el alumno para poder registrar la materia. Eso es mandatorio, y es correcto desde el punto de vista del modelo relacional.
Por otro lado, no se entiende tu problema: Obviamente, si es un alumno nuevo, el proceso de alta obligatoriamente debe dar de alta primero al alumno, y
luego, usando la misma cédula ledas el alta a las materias del alumno.
Ese es el método, y el cómo o qué tan bien lo programes dependerá de ti. desde la optica del modelo de datos, solamente debes respetar las dependencias funcionales del modelo que diseñaste.
Con programación en este foro no nos metemos.
¿Cuál es tu duda en ese sentido?