Estimado, llevo muchos años ya en el mundo de Java, Android y Javascript, y desde mi humilde experiencia, te aconsejo, no uses NetBeans para Javascript, si bien cada uno elige su IDE a su gusto, Netbeans es muy pesado para solo usar Javascirpt. Recomendación, usa Sublime Text 2, hay centenares de packages, plugins etc que podes instalar para ayudarte en la sintaxis del lenguaje, es un IDE muy ligero, muy facil de usar y muy potente.
Por otro lado, con respecto a la depuración y debugging, para mi lo mejor es lejos Chrome. Algunos prefieren Firefox. Tomate el tiempo de estudiar cada herramienta de la consola de desarrolladores de Chrome y vas encontrar herramientas muy muy interesantes que muchos programadores web ni saben que las tiene.
https://developer.chrome.com/devtools/index
Con respecto a IE. Realmente Microsoft le ha complicado la vida siempre a los desarrolladores. En versiones viejas tipo IE7, 8, hay muchos conceptos de Javascript y del DOM que ellos lo interpretan diferente. Se supone que a partir de IE9 y 10, la cosa tendria que estar mas igualada con respecto a funcionalidades, parseo, renderizado, etc con el resto de los navegadores, en muchas cosas lo esta y en otras está en camino. Como siempre todo lo que hagas lo tenes que revisar con los navegadores donde vos quieras que funcione correctamente, por mas que Chrome y FF tengan la mejor super consola de desarrolladores no es suficiente. Hay muchos navegadores, usan sus propios motores de renderizado, javascript engine, etc, y encima el mismo navegador funciona levemente diferente según la plataforma, por ejemplo Firefox, no renderiza 100% igual un documente web en Mac, que en WIndow o en Linux.
Por otro lado, tenes dos versiones de Javacript, la ECMAscript 3.0, soportada por todos los navegadores, y la 5.0 que es soportada por navegadores nuevos, no por los legacy, pero aun asi, muchos navegadores nuevos no soportan al 100% ECMAScript 5.0, eso te puede llevar a errores insesperado de navegador en navegador, entonces ahi tenes que tener cuidado. Recomendable usar servicios como Can I Use, si es que usas mucho de Ecmascript 5.0, para detectar donde es soportado y donde no.