Web antigua en subdirectorio, nueva en raiz.

[Usuarios466]

En principio si como dices el contenido del subdirectorio y la raíz no tienen nada que ver, no te tienes que preocupar por una posible penalización por contenido duplicado.

Ahora bien, deberías ponerte en contacto con el cliente y decirle si es relevante el contenido del directorio o se puede eliminar (si es esto último, yo haría un backup de todo por si acaso en un futuro puedes echar mano).

Debes tener en cuenta que si el directorio ha sido la página principal, tendrá más valor y antigüedad que lo que pongas en la raíz, por tanto, si decide eliminarlo, lo que haría es mediante el archivo .htaccess sería hacer un redireccionamiento 301 para que si alguien accede al directorio se redirija a la raíz del dominio donde tienes el Wordpress.