Primero, no existe un "MySQL 2008". Tengo la impresión de que estás confundiendo MySQL con SQL Server, que son cosas diferentes.
Respecto a:
Cita: De la Tabla 1, (columna1, columna2) quiero que me busque el valor de la columna1 en la Tabla2 (columna1, columna2), al validar que si hay resultados en vez de arrojarme el valor de la columna me arroje una letra que yo elija. S por ejemplo.
Es factible, usando los join adecuados, pero el resto lo deberás resolver programáticamente. dependerá de cómo prepares la aplicación.
Cita: Para explicarlo de otra manera quisiera hacer un query el cual sustituya una forma de EXCEL donde le digo, SI el valor que arroja la búsqueda (buscarv) me es diferente a nada, dame una S, si no una N.
Un DBMS no "sustituye" a Excel. Son cosas diferentes.
Excel es un sistema de planilla de cálculo, no un sistema de bases de datos, por lo que tienen recursos, métodos y capacidades completamente diferentes.
En lugar de hacer una "sustitución", por qué no empiezas a desarrollar algo que reemplace lo que hacías en Excel, algo realmente nuevo?