Hola, entiendo que quieres buscar desde el array jugada la posición en el array secreto de elementos que sean iguales. Pero con i diferente de j pues eso revisaste la igualdad de elementos antes.
Suponiendo que FICHAS_JUGADAS es el tamaño del array quedaría así:
int size = FICHAS_JUGADAS; //es que es muy largo el nombre xD
for (int i = 0; i < size ; i++){
for (int j = 0; j < size; j++){
if ( i != j && jugada[i] == secreto[j]){
// aqui poner lo que quieras, i es el a jugada y j es la posición de secreto donde los elementos son iguales.
}
}
}
Dime si te he entendido bien.
saludos.