Gracias al consejo de pateketrueke logre solucionarlo, aqui les dejo el codigo si le sirve a alguien:
Código PHP:
$archivo = "archivo.txt";
$abrir = fopen($archivo, 'r+');
$contenido = fread($abrir, filesize($archivo));
fclose($abrir);
$contenido2 = explode("\r\n", $contenido);
//separamos la primera variable de la fila 3
$variable1 = explode("|", $contenido2[2]);
$variable1[0] = "valor de la primera variable";
$variable1 = implode("|", $variable1);
//devolvemos el valor a la linea
$contenido2[2] = "$variable1"; //toda la fila 3 cambiada
//juntamos lo demas
$nuevo = implode("\r\n", $contenido2);
$abrir = fopen($archivo, 'w');
fwrite($abrir, $nuevo);
fclose($abrir);
