Cita: ... los usuarios se conectan al servidor mediante terminal server ...
No conectas por http?
php es un leguaje de servidor, luego no veo claro que pueda conectarse con un puerto del cliente. Fíjate que en cualquiera de las conexiones que has intenado no estas dando la dirección de la maquina cliente que tiene conectada la bascula, así COM1 será forzosamente de la maquina que aloja el servidor no de la maquina cliente.
En una aplicación por http (web) los datos del cliente se deben recoger con javascript por ejemplo y transmitirlos al servidor (con ajax por ejemplo vía post o get) para que php los pueda tratar. La bascula es un periférico más del cliente.
Terminal server es un terreno que no conozco pero en definitiva es un escritorio remoto, por lo que tiene acceso a los periféricos normales, teclado, mose.... pero no se al resto, puedes imprimir a una impresora local por ejemplo, cuando estas conectado por terminal server a la otra maquina o te ves forzada a usar impresoras de red.