Si la causa del error de la meta etiqueta de título duplicada viene dada porque has pasado la página de la raíz a una carpeta llamada blog, y has realizado una redirección 301, es cuestión de tiempo que te desaparezca ese aviso por meta etiqueta duplicada, con que veas que la redirección está bien realizada, entrando en la raíz y ver que te redirecciona automáticamente a la carpeta blog, es que lo has hecho todo correctamente y como digo es cosa ya de Google que actualice las Webmasters Tools y te desaparezca el aviso del error.
