El parametro de una funcion JavaScript a PHP

[xerifandtomas]

Tienes que diferenciar donde se ejecuta cada cosa.
Php en el servidor y js en el cliente.
Por lo tanto lo que estas haciendo es asignarle a una variable en el servidor una cadena de texto, que en tu caso contiene codigo js que se ejecura una vez que a sido procesado el php y enviado al cliente, por lo que en ningun momento el interprete sabrá o obtendrá el resultado del js ya que se ejecuta despues.

Una vez aclarado esto, tu solucion pasa por hacer que el cliente se comunique con el server y para esto tienes varias formas, la mas simple sun los formularios. Pero puedes hacerlo mediante ajax de firma asíncrona.