Estas haciendo mal tu consulta, ya que no estas poniendo ningun campo en el where para hacer la comparacion, para hacer lo que necesitas seria algo como esto:
Código SQL:
Ver originalDELETE FROM Este
WHERE este.id IN (
SELECT este.id FROM(
SELECT COUNT (Este.Id) total,este.id
FROM Este) AS tabla WHERE total>1)
Como ves el codigo es mas complejo que lo que pusiste......