Cita:
Iniciado por Libras 
a mi parecer lo mejor seria que tuvieras las 2 aplicaciones en bases de datos separadas, porque, bueno si la aplicacion del reloj checador(que creo es de un vendor right?) genera su propio codigo no seria muy conveniente que estes moviendo sobre esta, ademas seria mas facil administrar las aplicaciones si estas se encuentran en bases de datos separadas, ahora para lo que dices de la interconexion de los sistemas, si estan en el mismo servidor no tendrias problemas para acceder a las 2 utilizando nombres de 3 partes en tus tablas(base_de_datos.schema.nombre_tabla) ejem:
mibase.dbo.mitabla
saludos!
Gracias Libras, Es correcto es de un vendor, y si , estaran en un mismo servidor .
Saludos