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Iniciado por _fran_ 
Muchas gracias por vuestras respuesta, al final he optado por migrar a otro servidor con características superiores y de momento sin problema.
Más potencia, más ram y la verdad es que ahora va el servidor como la seda. El problema es que al tener muchos dominios el servidor se quedaba muy pequeño y por más que intentara optimizar el resultado era casi inexistente.
Un saludo.
Hola,
Por eso te dije que la solución era pasar a un servidor dedicado puesto que los logs de mysqltunner indicaban que ya estaba optimizado. Hay veces que por mucho que optimices no queda otra que cambiar de máquina o de vps a una máquina más potente. 120 son muchas bases de datos para un solo vps. Hay wordpress que necesitan un solo dedicado entero.