Prueba a poner esto en el botón:
  Código HTML:
 onclick="return confirm('¿Realmente desea eliminar?');"
 Si lo quieres meter en onSubmit ponlo antes que el action; 
 Código HTML:
 <form id="act" name="act"  method="POST" onSubmit="return confirmation();" action="elimina.php"> 
<script type="text/javascript">
function confirmation() {
     if(confirm("Realmente desea eliminar?")) {
          return true;
     } else {
          return false;
     }
} 
</script>  Y el If ponle como en el código que te e puesto.