Por las pruebas que he realizado el código en sí esta bien, el problema le tienes en el navegador. Te he mandado un privado para responderte con los resultados de las pruebas.
Dejo el resumen por si alguien mas tiene problemas para ver los PDFs.
Instalando el
Acrobar Reader se ven sin problemas.
Tras varias pruebas realizadas para solucionarlo al final e descubierto que había un pequeño problema entre la base de datos y los headers, te dejo el código que debería de funcionarte.
Código PHP:
$file = 'downloads/'.$ruta;
ob_clean();
flush();
header('Content-type: application/pdf');
header('Content-Disposition: inline; filename="' . $file . '"');
readfile($file);
exit;