Cita:
Iniciado por Estudiseno 
ademas de usar un panel como te han recomendado añade politicas de seguridad a tu apache contra ataques de ddos y mysql para inyecciones entre otros como un firewall
Para ataques dos recomiendo CSF Firewall y para inyecciones el mítico mod_security con las reglas de owasp:
https://www.owasp.org/index.php/Category:OWASP_ModSecurity_Core_Rule_Set_Project
Sobre php si tiene el register_globals en off mejor.
Salu2,