Te cuento mi caso.
Estoy en pleno cambio de equipo y por primera vez tengo un SO de 64, la instalación por defecto de la empresa es con Java de 32, supongo que por algún programa que yo no utilizo.
Estoy un poco perdido todavía con la forma de Windows de tratar las aplicaciones de 32 y 64 (system32 y sysWow64), así que aunque creo que no habría problema, prefiero no instalar todavía la 64 en el sistema.
Todavía no he conseguido ejecutar el Eclipse de 64