El tema es que es absurdo proteger código JS/CSS porque son recursos públicos que necesita tu pagina.
Si pretendes protegerlos de que nadie los cargue en sus sitios sería cuestión de que analices el referer, o bien, configurar el .htaccess para evitar esto.
El punto, es que dicha "técnica" que pretendes emplear sólo sirve para código PHP y nada más.