Ejecutar aplicacion sin internet y evitar las copias

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Si con internet te refieres a una red local que se conecta con una red externa pero tienes una red local, solamente tienes que crear un servidor y dar acceso a los usuarios de la red local y ya está.

Pero si con internet te refieres a que no habría ninguna comunicación entre ordenadores, entonces yo empezaría por buscar formas de encriptar y desencriptar los archivos .php y controlar los niveles de acceso de los usuarios a la BD.