realiza tu propio framwork al estilo MVC...
crea tu propio árbol de carpetas que creas conveniente para organisar tus archivos.
crea un tus propias constantes.
crea tu propio árbol de clases.
crea tu propia capa de abstracción a base de datos.
crea tu propio sistema de lenguaje múltiples.
crea tu propio sistema de interuptores y filtrados de contenido
y al final tendras un Framework, dotado de MVC y POO el cual conoces perfectamente cada linea de código.
con el tiempo podrás retocarlo y mejorarlo esto para empezar y practicar... cuando tengas un proyecto mas complejo entonces podrás irte a un framework teniendo una base de como pintan las cosas.
Yo trabajo ahora mismo en el mio veras que tengo tambien dudas. y errores que no encuentro forma de resolver.
Lo primordial para comenzar es el scripting saber que script quieres tener en tu proyecto principal. hacer cada script en una clase. y verificar su funcionamiento con:
luego te haces el diseño full html5+css3.
cuando tengas entonces estas dos cosas conviertes tu html en plantilla y comienzas a mesclar el controlador y la vista del MVC