MVC se refiere a Model/View/Controller, es decir, tienes un objeto para acceder a la base de datos, las vistas (el HTML, separado del PHP, en la medida de lo posible) y por último un controlador, que necesitará un script que enrute las direcciones a los métodos del mismo.
Tienes un enrutador básico
aquí, obviamente no es del todo completo pero puedes hacerte una idea de como funciona la movida.
De todos modos, es mejor que utilices un framework para no complicarte que te trae ya todo hecho. Yo me decantaría por Laravel, aunque si lo consideras demasiado pesado puedes utilizar Slim o cualquier otro. Usa Google :)
Saludos.