Bueno, en realidad no tienes dos registros de AI de tu tabla. Lo que tienes son dos registros de AI de tablas llamadas "mitabla", que no es lo mismo.
La base INFROMATION_SCHEMA contiene los datos de todas las bases de datos del servidor, y no de una única base. Por consecuencia, ambas tablas deben pertenecer a bases diferentes, ya que es
imposible que una misma tabla de una misma base tenga dos AI diferentes. Eso en MySQL es
imposible, por restricciones kernel del DBMS.
Confirmemos: