no tengo muy claro qué podría ser. al menos cuando yo he creado particiones alineadas, no invoco parted con la opción -a, y al escoger el comienzo y final le indico la unidad.
Código:
$ parted /dev/sda
(parted) mkpart primary 1MiB 50000MiB
lo que no logro comprender aún, en base a mis experimentos, por qué parted requiere alinear la partición en unidades de MiB para que lo detecte como alineado.