buenas,
el hdd no esta desalineado. de hecho, no se entiende lo que sería un hdd desalineado. en un evento así, podría entenderse que el hdd tiene un daño físico muy serio. aquí lo que se refiere es que la partición está desalineada. sucede que
fdisk tiene cierta compatibilidad con la nueva tecnología de los hdd,
advanced format. basicamente consiste en que en lugar de un sector tener 512 bytes, consta de 4096 bytes (512 * 8). entonces,
fdisk te avisa que el disco no está alineado de acuerdo a la nueva tecnología. si quieres alinear el disco, tienes que reparticionar nuevamente el disco. en mi opinión personal, no es algo de qué preocuparse si tu hdd no usar la tecnología advanced format.