Asignar datos a quien corresponda.

[gnzsoloyo]

Bueno, por lo pronto, tienes una condición redundante no terminada:
Esto:

Código MySQL:

ON cu.id_conejo_macho
 

y esto:

Código MySQL:

WHERE c.id_conejo = cu.id_conejo_macho
 

bsucan a lo mismo, y la primera está incompleta.
La sintaxis correcta es:

Código MySQL:

SELECT fecha_nacimiento,codigo,id_conejo_hembra, cu.id_cubricion
FROM conejos AS c
    INNER JOIN cubricion AS cu ON c.id_conejo = cu.id_conejo_macho
 

Respecto a la coneja, necesitas dos veces la misma tabla, por tanto debes invocarla dos veces, con diferentes alias:

Código MySQL:

SELECT fecha_nacimiento, codigo, id_conejo_hembra, cu.id_cubricion
FROM cubricion cu 
    INNER JOIN conejos c ON c.id_conejo = cu.id_conejo_macho
    INNER JOIN conejos C2 ON c2.id_conejo = cu.id_conejo_hembra