¿Es malo usar enlaces php que sólo varien los parámetros GET?

[hey_alan]

Buen día, con otra interrogante.

Estuve checando mi sitio con diversas herramientas en línea, y algunas de ellas sugieren que es malo para el posicionamiento utilizar urls en las que intervengan parámetros.

Esto me preocupa de sobremanera, debido a que todo mi sitio se basa en un solo index.php y se entra a las demás secciones y artículos sólo variando los parámetros "sección" y "id".

Me pregunto si esto es cierto, y de ser el caso qué tanto afecta. Finalmente (aunque ya no esté tan relacionado con el asunto del SEO), si es fácil cambiar este modelo por el que ahora implemente por ejemplo, wordpress, en donde al parecer no utilizan el método get sino que se organiza en carpetas o algo así :P.

Muchísimas gracias, espero sus respuestas.