Bueno, pues ese es precisamente un problema grave: el traductor de google traduce texto, no html.
Debes ingeniar una solución, lo que se me ocurre al momento es cargar todo el documento usando la extensión de DOM, entonces iterar los nodos de texto y hacer los reemplazos uno a uno sin salirse del nodo, luego exportas como HTML de nuevo y todo debería quedar bien.
Tampoco esperes soluciones mágicas para que no tengas que hacer nada.