Hola! Muchas gracias, dieron en el clavo, ese era el problema efectivamente, el servidor tiene instalado Opcache y tenia puesto la comprobación de cambios cada 4 minutos.
Lo solucione agregando al principio del script la función:
con lo cual reinicia la cache cada vez que entro, obviamente cuando pase a producción la voy a sacar.
por si alguien tiene el mismo problema pero con APC la función a usar es:
muchas gracias a ambos!