1.- @pateketrueke te esta dando una de las reglas de la programacion orientada a objetos:
Cita: - Cada clase debe tener un proposito especifico, pero ademas...
- Cada metodo debe hacer "una sola cosa" (no solo en POO)
2.-
"una web desarrollada en php, inicialmente usaba bastantes includes a archivos php que contenían funciones php"
Para eso afortunadamente existe __autoload o mejor aun
spl_autoload