Codigo ordenado y reusable (Consejos)

[ColdFusion]

Hola a todos, queria leer consejos con respecto a este tema, quiza muchos ya habrán llegado a este punto hace un tiempo.

Verán, tengo 3 años de trabajar en una web desarrollada en php, inicialmente usaba bastantes includes a archivos php que contenían funciones php, en ese momento pensé que usar demasiado includes era malo, por lo que decidí crear una sola clase que conteniera todas las funciones que se usan en toda la web, asi solo haría dos includes, una con la clase con las funciones y otro con la clase de conexiones a la bd.

Ahora, llego a pensar que fue una mala idea incluir todo en una clase , por qué?
Por qué la clase tiene mas de 2,000 líneas de código y ahora pienso que cargo código innecesario cuando creo una instancia de ella, quiza solo para usar dos o tres funciones en determinada área.

Ahora bien la pregunta es la siguiente, hice correcto al ponerlo todo en una clase? o debería separar nuevamente el código?

Estoy abierto a todos los comentarios, criticas, preguntas , consejos etc con respecto a las preguntas. .

Saludos